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首页 > 拜谱生物 > 干货分享 > Nature Plants(IF=15.8)| SUMO呈现膳食纤维酶质组新方法步骤给出!营造感受SUMO化膳食纤维酶质组数据分析库!

Nature Plants(IF=15.8)| SUMO修饰蛋白质组新方法提出!构建全新SUMO化蛋白质组数据库!

发布时间:2024-09-25
SUMO化装饰不是种重点的翻译工作后装饰,SUMO碳原子利用在E1碱化酶、E2整合酶和E3无线连接酶的参与进来下共价整合应该物淀粉酶赖氨酸残基上,在管理草木绿植光合效用、养分数字信号除极和胁迫现象中起注重点效用。SUMO化淀粉酶和SUMO装饰操作过程中 中有关于酶的受损会导致草木绿植光合效用十分的可能意外死亡,这表述SUMO化装饰在缓解草木绿植光合效用发育状况操作过程中 中起着基本点效用。犹豫如今在草木中被监定结论出的SUMO化淀粉酶比例较少,还有就是SUMO 化在草木中的丰度较低且情况性较高,因为监定结论SUMO化淀粉酶和 SUMO化位点是十分的享有对决性的。

2024年9月18日,南方科技大学的王鹏程硕士生导师(拜谱生物体合作协议合理家)及其研究团队在Nature Plants上发表了题为“Highly sensitive site-specific SUMOylation proteomics in Arabidopsis”的研究论文。该论文通过向拟南芥sumo1 sumo2突变体中插入赖氨酸缺失的SUMO1基因(K0-SUMO1),以制定了种2步赖氨酸损坏SUMO丰度方法步骤,在校园营销推广活动的环节之中所构建了北京现代新款的植被SUMO化蛋白酶质组资料库,为进一步探索SUMO化如何调节蛋白质功能提供了宝贵资源。

英文版主题 :Highly sensitive site-specific SUMOylation proteomics in Arabidopsis

繁体中文考题:拟南芥中高度敏感的位点特异性SUMO化蛋白质组学

刊发期刊杂志:Nature Plants

会影响成分:15.8

设计总体目标

图1设计方法图

深入分析最后

01、拟南芥K0-SUMO1球核苷酸类物质析

先前的研究表明sumo1-1、sumo2-1双突变体是没有办法正常发育的,因此作者先将K0-SUMO1基因片段导入sumo1-1、sumo2-1双突变体中,发现植物生长基本正常,并且通过Western Blot实验观察到K0-SUMO1植物中的蛋白可能具有功能性。因此,写作者进第一步展开整合的2步亲和聚集方式 展开质谱分析一下,共鉴定到2000+个独特的SUMO化位点、1300个SUMO化蛋白,其中拟南芥SUMO化位点的位置更加多样化,会发生在不同的基序上,与其他真核生物不同。SUMO化蛋白质组的GO功能分析发现检测到的蛋白质主要在不同的核过程发挥作用,包括基因沉默、基因调控以及DNA修饰和修复。

图2 SUMO化突显核高蛋白组(图源:Sang T et al., Nat Plants, 2024)

02、SUMO化掩盖蛋白质和位点的查证

为着证实因素的SUMO1蛋清,本研究通过原核表达系统获得重组SUMO化蛋白,并确定了体内工作。作者随机选择了九个候选蛋白,通过免疫印迹法发现在SUMO1蛋白存在的情况下,这些候选蛋白都可以发生SUMO化。随后使用野生型和位点突变的重组SUMO1蛋白进行了体外SUMO化实验,以确认SUMO化表达位点,实验结果表明多个鉴定到的底物位点在体外仍可以发生SUMO化修饰。综上所述,SUMO化位点的定点突变和体外SUMO化实验进一步验证了组学方法鉴定结果的准确性。

图3 SUMO化淀粉酶和位点的休外印证(图源:Sang T et al., Nat Plants, 2024)

03、热激发淀粉酶质组的降钙素原检测比

前面的实验结果发现在高温胁迫的拟南芥幼苗中鉴定出了1300个SUMO化蛋白。为了进一步评估SUMO化修饰如何调节蛋白质功能,本研究通过TMT核营养素组学比较了热应激前后潜在SUMO化蛋白丰度变化。结果发现在30分钟热应激后,有1,666个和429个蛋白质分别显示出明显上调和下调。在SUMO化的底物中,共鉴定出435个蛋白质,其中有128个蛋白质上调,16个蛋白质下调。因此,这些结果表明SUMO化修饰可能与目标蛋白质的稳定性增加相关。

图4 应用于TMT的按量高蛋白质组学(图源:Sang T et al., Nat Plants, 2024)

拜谱总结ppt

本研究从球蛋白质含量组的分析角度提供了关于SUMO化作用的生物学功能和位点特异性的信息。通过将赖氨酸缺失突变体SOMO1(K0-SUMO1)引入转基因拟南芥,以搭建一些机灵度更加高的SUMO化淀粉酶纯化和质谱监测的方式。这种方法从热处理的KO-SUMO1幼苗的1300个SUMO1蛋白中鉴定出超过2200个SUMO1化位点,并通过体外实验验证了方法的准确性,显著地加深了我们对植物SUMO1的理解。热勾起血清酶联免疫法相比表明SUMO化修饰增强了SUMO1受体的稳定性。总之,本研究为SUMO化修饰的检测提供了新的方法,为探索SUMO化蛋白功能奠定了重要基础。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司,可提供蛋白组、修饰组、代谢组、转录组、时空组等组学产品,SUMO化呈现蛋清质组为贵司独具特色呈现品牌,进行科学规范的聚集科技、角状的Astral检测设备可保持SUMO化蛋清和位点的优质化量验出。此外,王鹏程先生作拜谱领域专家团队成员名单,在成品新产品设计开发步骤中为我们给出技术最好和指引,以更好的产品回馈大家,欢迎大家咨询!

关联性论文资料:Sang T, Xu Y, Qin G, et al. Highly sensitive site-specific SUMOylation proteomics in Arabidopsis. Nat Plants. 2024;10(9):1330-1342. doi: 10.1038/s41477-024-01783-z.

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