在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

理论研究結果

1、从光敏养育组织中导出DNA交连蛋白质

是为了分離光化学交连淀粉酶质-DNApp物代替LC-MS研究分析一下，作著建设新一种转化纯化工作方案，可从DNA中去要不是化学交连淀粉酶质，仅在会直接照射时根据会直接着色体组遇到生物富集DNA化学交连淀粉酶质。用TRIZOL抽取着色质并出掉被抓获的非化学交连淀粉酶，并且将其坏点重新熔化分解以使用RNase吸收。根据超声波截取个人所得淀粉酶质化学交连DNA的抽取物，在硫氰酸胍中蒸煮转化，并在二防氧化硅离心分离柱上强烈洗涤剂以去要不是化学交连淀粉酶质终将顺利完成。根据核酸酶工作从DNA中挥发释放光化学交连淀粉酶，并使用胰淀粉酶酶吸收代替LC-MS研究分析一下。该方式被命名为淀粉酶质化学交连DNA抽取或XDNAX。

图1.球高蛋白交连DNA分离出或XDNAX操作程序流程图（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可真接沾染DNA的核蛋白质含量图谱

将光化学交联工艺拜谱生物于MCF7内部，表明了1,805种得票数蛋清，之中1,191种具备于3个或其他次相同中。60%的DNA相护功用组含有核酸相融入的GO引用，在缺乏性核酸相融入引用的蛋清质中，很大的贡献率基核纤层蛋清，第二步是参予染色的质策划 和内部分列的蛋清质（图2）。

图2 . 可随时了解 DNA 的淀粉酶质（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3个人小结了DNA上下级功能组所抽象性的蛋清酶质-DNA网页极其其中包括的核苷酸热塑肽。这其中包括主要是因为（1）球状DNA运用架构域、（2）DNA 运用周期性区（IDR）和（3）主要是因为与各种蛋清酶质（譬如组蛋清酶运用蛋清酶）、RNA（譬如剪接系数）或相分割区室（譬如核仁蛋清酶）上下级功能而从而导致的氛围比较敏感。

图3 . 可直接的使用 DNA的节构域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、化学发光法细胞膜扰动前一天与DNA组合的转录系数

雌抗生素淀粉酶激酶α（ESR1）驻留着胞质溶胶中，到最近见到其配体，晕人易位到癌癌体细胞质，在一边它与基因遗传组中的目标区域环境运用以缴活目标的转录小程序。将血清饥饿的MCF7癌癌体细胞体现于高药量雌抗生素（10 nM 17β-雌二醇）4分之五钟，与模拟系统治理 的差表癌癌体细胞较二者的DNA间接角色组（图4A）。里面，雌抗生素促进后DNA间接角色组中的ESR1增强了30倍（图4B）。总的策略而言，在1,814个降钙素原检测的淀粉酶质-DNA间接角色中，约有9%提示 出高出2倍的同质性不同，并观察动物到与ESR1含有间接角色的淀粉酶如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 雌肾上腺素加工处理乳线癌内部 DNA 互为功能组的参考值更加（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

个人心得体会

科研管理打开DNA组的球蛋清酶酶质含量以询问它是该如何被导出并付诸操作的，向来是科研管理工作人员其中一个长远的追寻。DNA组可及性重要以DNA为核心的方向角来科研管理，其实，到当下直到，脱色质凝露中的哪方面球蛋清酶酶质含量与DNA 的发生力学之间效果尚不非常清楚。用到零范围光化学交联，可察觉到DNA之间效果组中的通常数球蛋清酶酶质含量，XDNAX技术水平将用作球蛋清酶酶质含量-DNA之间效果科研管理的强工具软件。

拜谱个人总结

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的蛋清质组学、修饰语组学、代谢率组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

借鉴医学文献：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.